Początki zbirów i materiałów archiwalnych dotyczących Kościerzyny i ziemi kościerskiej wystawianych w muzeum zainicjował dr Jerzy Knyba, etnograf i nauczyciel historii w kościerskim liceum ogólnokształcącym w latach 60tych ubiegłego wieku.

W latach 1991-1992 gromadzone przez wiele lat w kościerskim LO zbiory zostały za zgodą dyrekcji szkoły przeniesione do pomieszczeń Kościerskiego Domu Kultury przy ulicy Długiej, gdzie utworzyły stalą wystawę pod nazwą: „Ekspozycja Muzealna Kościerzyna i Ziemia Kościerska”. Natomiast pod koniec XX wieku całość została przeniesiona do Ratusza w Kościerzynie na rynku miasta, gdzie właśnie do dziś możemy podziwiać eksponaty i pogłębiać wiedzę na temat historii miasta Kościerzyna.

Kolejnym etapem rozwoju kościerskiej placówki muzealnej i rozszerzenia jej działalności było przejęcie w kwietniu 2009 roku funkcjonującego od 1992 roku Skansenu – Parowozownia Kościerzyna i włączenie go jako oddział – Muzeum Kolejnictwa do struktur Muzeum Ziemi Kościerskiej

W listopadzie 2010 roku Muzeum Ziemi Kościerskiej otworzyło kolejny, drugi już oddział – Muzeum Akordeonu. Jest to pierwsza w Polsce placówka poświęcona wyłącznie temu jakże popularnemu na Kaszubach instrumentowi. W latach 2010-2013 mieściła się ona w budynku Kościerskiego Domu Kultury, a obecnie od stycznia 2014 swą siedzibę ma na parterze kościerskiego ratusza.

Odwiedzając muzeum dowiecie się o kulturze i historii mieszkańców, ich zamiłowaniu do rękodzieła i muzyki lokalnej. Ważnym elementem muzeum są zgromadzone i zaprezentowane znaleziska archeologiczne pochodzące z obszaru powiatu kościerskiego.

Dzięki połączeniu się 3 muzeów pod jednym zarządem, umożliwiono turystom zakup biletu do 3muzeów jednocześnie, pozwoli to zaoszczędzić parę złoty na pyszne lody na rynku i zapewni wspaniały dzień w Kościerzynie, pełen historii i aktywny wypoczynek spacerując ulicami miasta Kościerzyna.